בישיבת הר עציון מצויה הספריה הישיבתית התורנית הגדולה ביותר בארץ. בספרייה זו מצויים עשרות אלפי ספרים, בכל נושאי התורה והיהדות: תנ"ך, משנה, גמרא בעיון ובבקיאות, הלכה, אמונה ומחשבה, חסידות, קבלה ועוד. בספריה גם אוסף חשוב של תצלומי כתבי יד, דפוסים ישנים ועתיקים של ספרים שונים, ואוצר בלום של מאות כתבי עת תורניים שיצאו לאור במאה האחרונה.
ספריה שלמה וחשובה, שנקלטה בספרית הישיבה, היא ספרית הרב ישכר תמר זצ"ל.
הרב תמר זצ"ל היה תלמיד חכם מובהק וכיהן שנים רבות כחבר הרבנות הראשית לתל-אביב. כל ימיו עסק הרב תמר בלימוד מעמיק 
של התלמוד הירושלמי, וכתב פירוש על כל הירושלמי בשם "עלי תמר", שיצא לאור בשבעה כרכים. את הפירוש ערך חתנו, הרב אברהם צבי הלוי רבינוביץ' ז"ל. לאחר פטירתו של הרב תמר, החליטו בני משפחתו להנציח את שמו על ידי מסירת ספריתו הפרטית לרשות ספרית הישיבה. ספרית הרב תמר, מונה כ-8,000 כרכים ועומדת בפני עצמה באולם הקריאה של הספריה. הספריה מכילה מספר רב של ספרים עתיקים ונדירים, ומעשירה מאד את אוסף הספריה
הקטלוג הממוחשב של הספריה מופיע באינטרנט, והגישה אליו מכל רחבי תבל.
הקטלוג מוצג גם באמצעות הקטלוג המאוחד של הספריות האקדמיות בישראל (ULI) . דבר זה מאפשר לקוראים מרוחקים, שאינם יודעים באיזה ספריה נמצא הפריט שהם מתעניינים בו, לראות לאיזה ספריה הם צריכים לפנות. בעקבות חיפוש ב- ULI רבים הם הפונים לספרית ישיבת הר עציון מקרוב ומרחוק.
אחד הפרויקטים החשובים של קיטלוג, המתבצע בספרית הישיבה, הוא קיטלוג ממוחשב של מאמרים מתוך כתבי – עת תורניים שהופיע בארץ ובעולם בשישים השנים האחרונות. קטלוג זה מקביל לקטלוגים של רמב"י (רשימת המאמרים במדעי היהדות) ושל המפתח למאמרים בעברית באוניברסיטת חיפה, והוא ממפתח הרבה חומר תורני שלא טופל על ידם.
במסגרת המכללה האקדמית הרצוג שליד הישיבה קיימת ספריה פדגוגית מעולה, כהשלמה לספרית הישיבה. ספריה זו מחזיקה ספרים רבים בנושאי החינוך וההוראה, ובכלל הנושאים הנלמדים במכללה. לספריה הפדגוגית גם מרכזיה פדגוגית, המכילה עשרות-אלפי מאמרים, קטעי עיתונות, דפי עבודה וחוברות בנושאים שונים. תפקיד המרכזיה הוא לסייע לתלמידים בהכנת שיעורים, אשר הם עומדים ללמד בבתי הספר, במסגרת ההתנסות המעשית של לימודי ההוראה.
