Harav Yehuda Amital zt"lמייסדה של ישיבת הר עציון – הרב יהודה עמיטל זצ"ל – שהלך לעולמו בתמוז תש"ע, הטביע חותם ייחודי בעולם הציונות הדתית, של שילוב שכל ורגש, של כנות ואמתיות בעבודת ה' ושל ציונות דתית לכתחילה.

Harav Aharon Lichtenstein zt"lלצידו של הרב עמיטל בראשות הישיבה עמד למשך יותר משלושה עשורים מו"ר הרב אהרן ליכטנשטיין זצ"ל. תוך שילוב הלימוד התורני המסורתי יחד עם הבנה חזקה של העולם המודרני, הם שאפו לא להתנתק, אלא להתחבר ולחנך דור חדש של מחנכים ומנהיגים.

בשנת תשס"ו הצטרפו לראשות הישיבה שניים מהבולטים שבין בוגריה – הרב יעקב מדן והרב ברוך גיגי, בכדי להבטיח את יציבותה וחזונה של הישיבה במעבר לדור חדש של מנהיגות. בתשרי תשס"ט, הצטרף הרב משה ליכטנשטיין כראש ישיבה, בעקבות פרישתו של הרב עמיטל.